Pada asalnya Jabatan ini dikenali dengan Jabatan Parit dan Taliair (JPT). Mula ditubuhkan pada tahun 1932 dengan fungsi utamanya ketika itu adalah melaksanakan projek Pembangunan Sumber-sumber Air khususnya bidang Pengairan, Saliran dan Kejuruteraan Sungai. Sebelum tahun 1932, fungsi-fungsi ini dilaksanakan oleh Bahagian Hidraul, Jabatan Kerja Raya.

Penubuhan JPT ketika itu bermatlamat bagi memajukan sektor Pertanian terutamanya bagi menggalakkan dan meningkatkan penanaman padi bagi memenuhi keperluan sara diri supaya tidak terlalu bergantung kepada beras yang diimport dari luar negara.

Mulai tahun 1972, fungsi Jabatan diperluaskan lagi dengan menambah fungsi hidrologi dan tembatan banjir. Seterusnya pada tahun 1986, satu lagi fungsi iaitu Kejuruteraan Pantai diletakkan dibawah tanggungjawab Jabatan ini. Pada tahun 15 Mac 1989, nama Jabatan Parit dan Taliair (JPT) ditukar dengan nama baruiaitu Jabatan Pengairan dan Saliran (JPS). Serentak itu juga JPS telah melancarkan Logo Baru dan memperkenalkan Moto iaitu "Jayakan PerkhidmatanSempurna" . JPS terletak dibawah Kementerian Pertanian dan merupakan Agensi Teknikal dalam Kementerian tersebut.

Jabatan Pengairan dan Saliran (JPS) sebelum 15.3.1989 di kenali sebagai Jabatan Parit dan Tali Air (JPT).  JPT telah di tubuhkan pada 1 Januari 1932 untuk mengambil alih kerja-kerja yang berkaitan dengan pengairan dan saliran yang sebelum itu telah dijalankan oleh Cawangan Hidraulik Jabatan Kerja Raya, Negeri-Negeri Melayu Bersekutu.Pada akhir tahun 1920an, berikutan dengan kejatuhan harga bijih timah dan getah serta kemerosotan kedudukan beras di Tanah Melayu, Tuan Yang Terutama Pesuruhjaya Tinggi pada masa itu telah melantik sebuah Jawatankuasa Penanaman Padi (The Rice Cultivation Committee) dengan tujuan untuk menimbangkan langkah-langkah yang patut diambil bagi mengalakkan penanaman padi di Tanah Melayu, ("What are the best steps to be taken in order to encourage rice cultivation in Malaya").Jawatankuasa tersebut telah mengemukakan laporannya pada tahun 1931, dalam laporan tersebut jawatankuasa itu telah membuat beberapa kenyataan utama iaitu :

" To great reliance an imported rice is a source of danger"

"Steps to encourage the extension of rice cultivation would be an insurance against possible future crisis owing to food shortage"

Sebuah agensi baru perlu ditubuhkan bagi mengatasi masalah-masalah pembangunan tanah dan air, khususnya penggunaan beras tempatan ditingkatkan. Jawatankuasa itu juga mengesyorkan bahawa agensi ini hendaklah menyerapkan Cawangan Hidraulik yang sediaada di Jabatan Kerja Raya Negeri-Negeri Melayu Bersekutu.

Syor jawatankuasa tersebut telah di terima oleh kerajaan dan pada 1hb Januari 1932, Jabatan Parit dan Tali air (JPT) telah ditubuhkan dan Timbalan Pengarah Kerja Raya dilantik sebagai Pengarah/Penasihat pertama.Dari tahun 1932 hingga pecah perang menentang Jepun pada tahun 1941, bidang kerja JPT telah berkembang luas, kawasan bendang sediaada telah diberi kemudahan pengairan/saliran manakala bendang-bendang baru telah dibuka yang di anggarkan beratus ribu ekar.Tetapi setelah pendudukan Jepun mulai tahun 1942-1945, segala projek pembangunan telah terhenti dan hampir tiada langsung kemajuan. Selepas pendudukan Jepun pada tahun 1945, kedudukan bahan makanan dalam negara menjadi genting, jadi tindakan utama diambil ialah memulihkan semula kerja-kerja pengairan/saliran dengan tujuan menambahkan pengeluaran padi tempatan. Dengan itu JPT mengambil peranan penting semula.Pada 1hb Februari, 1948 Perlembagaan Baru Persekutuan Tanah Melayu talah dikuatkuasakan bagi mengantikan Malayan Union. Yang demikian membawa beberapa perubahan di dalam pentadbiran JPT telah berlaku iaitu Pengarah hanya bertanggungjawab bagi kerja-kerja persekutuan sahaja manakala bagi negeri-negeri pula, beliau hanya bertindak sebagai penasihat sahaja. Walaubagaimanapun beliau berurus juga dalam soal-soal teknikal dengan Ketua Jabatan Negeri, tiap tiap negeri akan mempunyai anggaran perbelanjaan mengurus sendiri seperti gaji dan lain-lain seperti mana di amalkan sekarang.Pada tahun 1951, di bawah sistem member kerajaan (member system) JPT telah diletakkan di bawah Kementerian Pertanian dan Perhutanan manakala pada tahun 1954 pula JPT telah di letakan di bawah Jabatan Sumber-Sumber Alam termasuk Jabatan Tanah, Galian, Ukur dan Penyiasatan Kaji Bumi.Walaupun usaha-usaha gigih telah dibuat sejak tahun 1946 bagi menambahkan pengeluaran beras tetapi hasilnya amat mengecewakan di atas beberapa sebab dan antaranya ialah kekurangan tenaga buruh, satu jawatankusa lagi dibentuk oleh Pesuruhjaya Tinggi di masa itu Gerald Templer bagi menambahkan pengeluaran beras.Jawatankuasa itu dinamakan Jawatankuasa Pengeluaran Beras dan telah mengemukakan laporannya pada Mac 1953, di antara syor-syornya ialah :

Menambahkan rancangan pengairan/saliran

Memulakan penanaman padi baka baik

Cara penanaman yang lebih baik

Segala syor-syor di atas telah dilaksanakan dalam Rancangan Ekonomi Pertama 1950-1955 yang mana JPT telah mengemukakan beberapa rancangan. Seterusnya kerja-kerja yang tidak dapat diselesaikan dalam rancangan ini telah di sambung di dalam Rancangan Pembangunan Lima Tahun Pertama 1956-1960. Rancangan Pembangunan Lima Tahun Kedua antara 1961-1965 telah dikembangkan ke pringkat daerah dan negeri disamping di perluaskan di peringkat Persekutuan. Dengan ini JPT semakin berkembang sehinggalah memasuki Rancangan Malaysia Yang Pertama 1966- 1970 hingga sekarang.Jabatan Pengairan dan Saliran ini telah di letakkan di bawah Kementerian Pertanian dan syarikat kerjasama pada tahun 1961

Jabatan Pengairan dan Saliran (JPS) dibawah Kementerian Sumber Asli dan Alam Sekitar (NRE) asalnya dari Kementerian Pertanian adalah salah satu jabatan yang telah digabungkan dengan Jabatan-jabatan seperti Jabatan Ketua Pengarah Tanah dan Galian (JKPTG), Jabatan Ukur dan Pemetaan Malaysia (JUPEM) dan Institut Tanah dan Ukur Negara (INSTUN), Jabatan Perhutanan Semenanjung Malaysia (JPSM), Institut Penyelidikan Perhutanan Malaysia (FRIM) dan Jabatan Mineral dan Geosains (JMG) .Jabatan Alam Sekitar (JAS) dan Jabatan Perlindungan Hidupan Liar dan Taman Negara (PERHILITAN) dan Institut Penyelidikan Hidraulik Kebangsaan Malaysia (NAHRIM). Jabatan-Jabatan  diatas terdiri daripada 4 Kementerian iaitu Kementerian Tanah dan Pembangunan Koperasi; Kementerian Sains, Teknologi dan Alam Sekitar; Kementerian Perusahaan Utama dan Kementerian Pertanian Dari penggabungan kementerian-kementerian ini terbentuk Kementerian Sumber Asli dan Alam Sekitar (NRE) yang ditubuhkan berikutan pengumuman pembentukan Kabinet baru oleh Y.A.B Perdana Menteri pada 27 Mac 2004